О внесении изменений в проект подробно описано в ГОСТ Р 21.1101-2011. Читал давно, расскажу по памяти:
1. На обложке и титульном листе, в нижнем левом углу нужно начертить специальный штамп внесения изменений. В этом штампе указывается номер изменения (например 1), присвоенный номер документа "разрешения на внесение изменений" (например 01-17), подпись и дата. Этот штамп нужен чтобы быстро отличить исходный документ от измененного.
2. Составляется лист "Разрешение на внесение изменений" (форму листа смотрите в ГОСТ Р 21.1101-2011). Этот лист вставляется сразу после титульного листа. На этом листе сначала указывается обобщенная причина внесения изменения (от кого и когда поступило требование внести изменения). Затем расписывается причина по каждому листу, или листам.

Например так для изменения №1:
В графе "Содержание изменений": Изменения в проектную документацию внесены в соответствии с замечаниями ... от ...
далее отдельно по каждому подизменению
В графе "Изм.": 1.1 (номер отдельного изменения)
В графе "Лист": 3...5 (номера листов с изменением)
В графе "Содержание изменений": В строительной части измена планировка, в соответствии с этим изменились кабельные трассы.
В графе "Код": 3 (код 3 - дополнительные требования заказчика)
далее следующее изменение
В графе "Изм.": 1.2 (номер отдельного изменения)
В графе "Лист": 6,7 (номера листов с изменением)
В графе "Содержание изменений": Замена типа извещателя X на тип извещателя Y
В графе "Код": 4 (код 4 - устранение ошибок)

В основной надписи на чертежах есть такие графы: Изм., Кол. уч, Лист, № Док, Подп, Дата.
Вот в эти графы и вносятся  данные из листа разрешения внесения изменений.
Изм.: 1.1
Кол. уч.: 1 (количество участков на листе, обведенных красным облачком или другой рамкой).
Лист: 5 (номер текущего листа, или номер заменяемого листа, если есть замены)
№ Док: 01-17 (номер, который был присвоен листу разрешения внесения изменений)

На листе чертежа обводится облачком изменение, делается выноска в виде ромбика с номером изменения (например 1.1)
Можно зачеркнуть участок чертежа и рядом нарисовать правильный участок, все это тоже обвести облачком с ромбиком.
Если изменений на листе слишком много, то можно перечеркнуть лист и за ним вставить правильный с указанием в штампе номера изменения и т.д.

Все по памяти, может что-то упустил, читайте первоисточник.