Никто не сталкивался? и мыслей нет куда копнуть?

Пальцем в небо наугад) Кол-во ключей в Орионе бльше чем может хранится в приборе? Ну или номер уровня доступа...

Ключей красивое число - 555, уровень доступа один на всех (проход на территорию). И почему после синхронизации какое-то время работает? Может у контроллера память накрывается?

Навряд ли дело в памяти... Там ограничение до 32 номера уровня доступа стоит судя по мануалу, от туда и вопрос был... Может Орион глюки ловит? Почитить БД от мусора можно попробывать ещё... На крайняк убрать галочку хранить ключи в приборах, попробывать поюзать без ключей в контроллере, потомобратно поставить... ТП то ничего не пишет по этому поводу?

С ТП пока не связывался, как-то и забылось о её существовании.

А что ТП скажет? Пришлите контроллер? 
Сначала проверьте все клеммы на контроллере, батарейку ему свежую поставьте, свежий аккумулятор в блок питания. Исключите все обычные причины, с которыми обычно борется обслуживающий персонал. Если проблема сохранится - только контроллер под замену, тем более, что 1.11 - прямо скажем, контроллер немолодой.
Тут ещё одна вещь может быть - проблемы с интерфейсом rs-485. У нас было такое, что орион про (1.10) ключи записывал в контроллер, а потом считывал с глюками, думал, что ключей нет и добивал и добивал ключи в контроллер, пока не упирался в ограничение в 4096. Решилось протяжкой клемм по всей ветке 485-го. 
Т.е. для диагностики важно подключитсья УПРОГом и получить список клбчей из контроллера как сразу после записи, так и при появлении проблем. 
Там мастер карты ни у кого на руках нет? А то могут быть и из-за неё интересные спец-эффекты.

Мастера нет. Интерфейс? Но на нём и другие приборы (КДЛ, Сигналы) работают вроде без проблем. АРМ только с контроллером работает, остальное на ПКУ.