Встречалась такая проблема, карты оказались рабочими, а вот считыватель и контроллер заменили, после все работало. Не могу вспомнить точно в чем была проблема, так как иногда считыватели такие, а иногда и С2000-2 в ремонт приходилось отправлять, там надо было поменять диод на входе и все после работало.

Карты толстые (Clamshell)? Если да, то есть у них особенность - могут развалиться на две половинки и антенна с чипом вылетит. А может и чип от антенны отходить, если качество плохое.
Если с картами все ок, то понять кто виноват - считыватель или контроллер, можно по собственной индикации считывателя. Обычно считыватель, при поднесении карты, издает один звуковой сигнал. Если считыватель этот сигнал издает стабильно на одну и ту же карту несколько раз подряд, то со считывателем скорее всего все в порядке. Хотя может быть вариант, что Wiegand у считывателя не очень корректно реализован. Китайцы этим часто грешат.

Судя по описанию - меняйте карты.
Попадались карты noname - из 10 пачек, 2 были откровенный брак - выбросили.
Сейчас если из поставки хоть одна карта битая/пдозрительная - проводим полную проверку партии поставки.