Для начала герконный вход на контроллере замкните наглухо. Или просто проверье его состояние. Часто геркон, пребывающий в открытом, теревожном состоянии, сразу же после срабатывания реле и разрешение прохода/проезда, с очень малой задержкой, 0,1 секунды, вызывает возвращение реле в заблокированное состояние. просто станьте рядом с контроллером, можно тестером на реле и послушайте, что в нём происходит.
Мастер-карта у вас, случаем, не окрывающая?
Вообще такие проблемы надо раскручивать постепенно. Становитесь на контроллер, откручиваете от него провода от реле, пробуете управлять шлагбаумом. Работает - хорошо, сам шлагбаум вычёркиваем. Дальше смотрим, как контроллер щёлкает релюшкой и т.д.

ну первое что приходит в голову это ключи в приборах как хранятся (непосредственно в приборах (в АБД стоит галка хранить в приборах) или в самом Орионе (галка не стоит))?
У Ориона часто ключи забивают память прибора и хранятся по нескольку экземпляровв приборе. Если такое случается то прибор начинает чудить (путаются уровни доступа, окна времени и еще много всякой фигни). Здесь помогает полная перезапись ключей - синхронизация ключей из АБД (только учтите что сначала все ключи из приборов стираются а потом потихоньку записываются. Процедура долгая и на это время доступа через двери не будет). ЕЕ лучше проводить в выходной или поле рабочего дня.
Далее смотрим на галки открыть/закрыть дверь после прохода. если такие галки стоят и неисправен датчик прохода то как только появляется разрешение прохода сразу же идет и отключение команды и релючка просто не успевает отработать команду. Можно эти галки снять (через упрог в С2000-2 шлагбаума - на каждом считывателе) и попробовать поуправлять.
Ну и последнее что приходит на ум неисправен сам контроллер,  в части записи, хранения и получения команд от ориона. Те что ключи записаны в память и там хранятся с уровнями доступа то прекрасно работают.

Зайдите в сам прибор Uprog-ом посмотрите стоит галка на контроль СМК если стоит попробуйте снять и проверьте работу

Благодарю за оперативные советы.  Отдельно от прибора C200-2 шлагбаум работает корректно, к тому же с кнопки на КПП так же открывает успешно.  Пробывал замыкать герконный вход напрямую на приборе - ничего не поменялось. 
Все ключи сотрудников хранятся в БД на ПК сервере орион, в приборах хранится только ключ мастер карты.  Работу реле послушал, вроде бы все щелкает как положено. 

Хотелось конечно посмотреть еще конфигурацию прибора через UProg но к сожалению пока что в течение рабочего дня не могу этого сделать. Т.к. нормально остановить систему можно только в выхоной или глубоко ночью.


Так же пробовал на самом приборе замыкать контакты EXIT1 и GND1, имитируя тем самым нажатие кнопки открывания шлагбаума. Шлагбаум нормально открылся - закрылся по таймуауту. Собственно я уже написал выше что с кнопки на  КПП так же шлагбаум отработал успешно. Но когда я замыкал EXIT1 и GND1 на самом приборе заметил интересный момент. При замыкании этих контактов на самом приборе загорается зелееным светодиодный индикатор считывателя 1 (который второй сверху), при прикладывание мастер карточки к считывателю так же загорается этот светодиод. А вот при нажатии "открыть шлагбаум" со схемы на компьютере загорается зеленым светодиодный индикатор считывателя 2. (Тот который 3 сверху). Это так и должно быть? А то изходя из этого у меня сложилось такое ощущение что при открытие шлагбаума со схемы на компьютере посылается запрос на включение реле № 2 которое вообще пустое, вместо реле № 1 на котром весит проблемный шлагбаум. В АБД при этом вничего не меняли, и вроде как в настройках плана помещений для данного шлагбаума выставлено включение реле 1. Если конечно я там смотрел.

Версия С2000-2 какая? случаем не 2.20?
Если нет, то нужно копать сам орион. Разрешение на открытие он выдает раз ключи не прописаны в контроллер.
Работа в Вашем случае строится следующим образом.
1. Считыватель считывает кон и передает его на контроллер.
2. Контроллер сверяет его со своей базой данных и при отсутствии передает на Орион
3. По приходе заппроса орион сверяет ключ с базой и проверяет уровень доступа с окнами времени. Если все нормально отправляет команду управления на прибор.

В орионе есть 2 варианта управления локальный и централизованный. Вы используете централизованный. Болид настоятельно рекомендует использовать локальный (когда ключи хранятся в приборе).

Вам нужно проверить настройки точки доступа в АБД на вкладке Доступ.
Тип двери должен быть - шлагбаум
На вход реле 1 прибора ХХХ
На выход реле 2 прибора ХХХ

В Самом приборе тоже должны быть соответствующие настройки:
тип шлагбаум
остальное по своим требованиям.

При выборе типа точки доступа в самой программе привязка управления сама назначается на реле 1 и не важно что в АБД указано реле 2 по второму направлению.

Забыл тогда отписаться сразу как решилась проблема. Стал проверять настройки АБД - все корреткно оказалось. Потмо проверил настройки контролера самого - тоже все как и должно быть. Но раз зашел в конфигурацию прибора то и заодно решил перезаписатиь конфигурацию контролера в прибор без изменений. И после этого проблема пропала... 

А где в АБД и в орионе нужно проставить настройки что бы ключи хранились и в приборах и в АБД?