Если всю щелуху отбросить, то в бесплатной версии (Express), размер базы ограничен 10 Гб.
Самое прожорливое к БД это СКУД, события так и сыплются, на примере одного объекта, С2000-2  - 20 шт., 40 дверей, 500 сотрудников, движняк бесконечный, события ни на секунду не останавливаются, в течении двух лет размер базы 1.6 Гб. В ПС событий особо нет, ну по сравнению с СКД, тем более в Орион ПРО предусмотрена функция очистки журналов событий и руками и по расписанию, по прошествии 180 дней (по умолчанию), можете 360 выставить, так вы гарантированно не привысите допустимый объем. 

По SQL ситуация такая:
Максимальный размер базы данных для SQL2008 express - 6 Гб, 2012-10 Гб/
при использовании SQL Express невозможно использовать в менеджере сервера все сервисные автоматические функции срабы с базой данных (автоматическое создание бэкапа, автоматическая очистка, резервная база данных и др.) Для всего этого требуется полноценный SQL, плюс размер базы данных неограничен.
Если вам эти функции до барабана то лицензия не нужна, пользуйтесь бесплатным SQL Express.
Так же вам нужно разбиратся с тем что грузит систему. При большом объеме базы нужна большая ОЗУ, при этом мощности CPU при работе с базой данных большой не требуется. Больше важна тактовая частота процессора.
Что за антивирус стоит? Некоторые бывают настолько маниакальны что грузят проц напрочь.
 

Не могли вы пасказать как через планировщиек запускать SQL (какие аргументы нужно указывать)?

Я говорю о резервирования (репликации) базы данных, синхронизации между ними данных и их бэкапе.

А локальный бэкап и удаление данных из локальной базы, согласен через планировщик работает. Для обычных объектов это нормально.
Но для разветвленной структуры и крупных объектов это не кооректное решение, здесь администрирование должно строится силами самого SQL.

У ТС очень большой объект. И строить его на базе одного сервера просто недопустимо. Логику работы нужно разбивать на несколько ядер опроса, каждое ядро на своем ПК. и все резервировать пультами. Так это еще будет работать более менее. А если все на один сводить - это просто жесть. Интересно проект кто разрабатывал это учел?