и все 100+ уровней доступа относятся к одному С2000-2? может там куча дублированных просто?

количество с 2000 2- 7 шт. С учётом повторяющихся уровней доступа их около 140, а будет ещё больше

ого, серьёзный объект. Надеюсь не под каждого сотрудника отдельный УД сделан?
бывает что в с2000-2 забивается во все УД одинаковые и новые больше не добавляются, достаточно почистить дубли и всё начинает работать. У вас такого не наблюдается?

В данный момент создаются УД под одного человека индивидуально. В С 2000 2 100 ячеек хранения УД, повторные записываются в одну и ту же ячейку. В Болиде утверждают что в централизованном режиме работы АРМ Орион в контроллере не нужно сохранять ключи. уровни доступа, окна доступа, но по факту  у меня не работает. 

140 УД? На момент написания комментария в моей базе данных насчитывается 6600! ключей, и по идее для каждого уникальный уровень доступа.
Поймите один момент - УД из ОринПРО записываются в контроллеры не в том же самом виде. Даже в моем случае в каждом контроллере используется от силы 2-3 уровня доступа. Их будет больше, если использовать допустим разные окна времени или правила доступа. Но чтобы занять в контроллере все 100? Если только в ручном режиме.

Проблема честно говоря точно не явная, но семь контроллеров - это фигня. Попробуйте вот такую последовательность:
1. Нужно удалить все считанные данные контроллеров - удалите из папки C:\BOLID\ARM_ORION_PRO1_20_2\DevConf все файлы (это на компьютерах, где работает ядро опроса, ну и путь к папке будет у вас может другой из за версии ОрионПРО);
2. Затем презапустите само ядро опроса;
3. Заного считайте конфигурацию со всех ваших контроллеров (в АБД - Сервис -> Считать конфигурацию из приборов);
4. "Хранить код ключа в приборах" - выставите этот параметр на всех ключах обязательно.
5. Перезапишите все коды ключей в контроллерах, либо выполните синхронизацию ключей. Предварительно можно выполнить команды "Переоткрыть таблицы" и "Получить состояние ключей"

И поищите возможные причины запрета доступа - может у вас ключ выдается на один день, проверьте срок действия ключа.

Да кстати -  советую использовать самую последнюю версию Ориона. Одно время на предварительных версиях 1.20 я изрядно натерпелся...

Количество ключей в моей базе около 1200 и в данный момент всех людей переводят на разные режимы работы с разницей в 5,10,15 итд минут под каждого просят создавать отдельные УД. К каждому УД создаётся отдельное окно времени тк не удаётся подобрать похожие. Пока всё работало в локальном режиме и УД в контроллере хватало и код хранился в приборах всё работало изумительно. Я попробую Ваш вариант потому что у меня их больше нет.