Осталось придумать как одной карте два уровня доступа присвоить

а это никак, насколько я знаю. 
Только по несколько карт давать 

А такой вариант:
Создаём не 2 уровня доступа, а 1.
Ему разрешаем и взятие и снятие.
Первое действие картой – идентификация карты, второе переворачивает инверсию взято/снято.
 
Исходя из («С2000 - 2» АЦДР.425723.001 РЭ Изм.2 1 АЦДР. 6034- 16 от 31.10.2016):
«Если  решением  сетевого  контроллера  (компьютера)  будет  предоставление  доступа, централизованный доступ предоставляется, также как локальный.
Если у предъявленного ключа имеются права на управление разделом, то на индикаторе считывателя  отображается  текущее  состояние  раздела  согласно  таблице  0.  При  повторном предъявлении  этого  ключа осуществляется  постановка раздела  на охрану  (если раздел  снят с охраны) или снятие раздела  с  охраны  (во  всех  остальных  случаях).  Каждое последующее предъявление  идентификатора вызывает  действие  противоположное  предыдущему,  т.е.  если по второму  предъявлению  ключа  осуществлялось  снятие  раздела,  то  третье  предъявление   ключа вызовет взятие раздела на охрану и т.д.».
Должно получиться.

Дмитрий, это понятно. Но заказчик хочет именно вариант с двумя считывателями

Прошу прощения, может не в тему. У нас взятие/снятие реализовано просто через считыватель. Всё идентифицирует, снимает и ставит. Клавиатуры не устанавливали - нет необходимости. Настроить взятие по уходу последнего в УД можно попробовать. Так же и со снятием. Первый в УД приходит - снимает, последний уходит - ставит. Делали как то таким образом. 

Андрей, а что кроме " некое министерство в 9 этажном здании" имеется в системе? Надеетесь из множества предложенных вариантов выбрать подходящий?

Владимир, если вкратце... имеется адресная охранка на трех М-ках, + адресная пожарка на двух М-ках, + скуд на пяти М-ках. Всё выведено на Орион-Про. 

У вас хороший пример для необходимости адресного считывателя.
По сути вопроса - попытаться объяснить заказчику что его вариант с двумя считывателями технчески не возможен (или выдавать по два идентификатора в которых пользователи будут путаться и пробка будет расти), а если поставить два на взятие/снятие то всё будет проходить в два раза быстрее. Вариант - увеличить количество клавиатур.

ну с орионом про есть вариант повешать сценарии на два считывателя, чтобы на входной считке только снятие, на выходной - взятие. Правда количество таких сценариев = количество человек * 2. Хитроумных способов определять по карте кто в какую сторону прошёл и какой ему принадлежит раздел, чтобы его снять/поставить, я не изучал. Да и надёжность сценариев упирается в надёжность связи с контроллером и ПК.

Есил все выведено на ОрионПро и возможно вывести считыватели с С2000-2 дополнительно, то нет проблем.
Делаете привязку разделов на всех считвателях, и люди спокойно ставят/снимают с любого.
Если клавиатуры и разделы из разных пультов, то прописываем ключи в АБД с соответствующими уровнями доступа, а из пульта удаляем.
Смысла в одном только на снятие, в другом только на взятие нет, проблему "пробок" это не решает, даже если бы это было возможно одним ключом. Тем более если приходят утром, уходят вечером.