Решение найдено, оно в конце первого сообщения.
Чтобы уважаемые советчики не были связаны конкретным вопросом, опишу ситуацию в целом, возможно, правильный ответ будет совсем не на этот вопрос. 
Два С2000М связаны с сервером Орион Про через RS-232. На сервере операционная система Windows Server 2003 R2, сам сервер в удалённой серверной, доступ к нему только по локальной сети. Запуск CSO происходит автоматически при каждом включении сервера, руками трогать ничего не надо. Загрузка CSO происходит через "Назначенные задания" от имени пользователя Orion при каждом включении  компьютера (вход в учётную запись Windows для этого не требуется, хотя кто его знает, может быть Windows и делает какой-то служебный вход). 
У оператора компьютер с монитором Орион Про. После включения сервера через пять минут Монитор вещает "Установлено соединение с сервером Орион". 

Всё хорошо, пока не возникнет необходимость включить PProg, для этого надо выключить CSO, а как это сделать? Точнее, как это сделать правильно? 
С любого компьютера заходим на удалённый рабочий стол сервера, пусть даже под тем же именем Orion, но это будет новая сессия. И в этой другой сесии будет другой рабочий стол, на этом рабочем столе не будет значка запущенного CSO, не на что нажимать, нечего закрывать. Можно вызвать Диспетчер задач и убить процесс CSO, цель будет достигнута, но правильно ли это? Не будет ли это медленным подтачиванием здоровья CSO, так что на сотый раз он сломается? Наверняка есть штатная команда на выключение для командной строки, только я её не нашёл. 

А может, правильным образ действий для этой ситуации вообще другой?

Тут ниже задали справедливый вопрос о конечной цели. Конечная цель  - подключиться программой PProg к С2000М, считать конфигурацию, загрузить конфигурацию. C2000M версии 2.07. Для этого, вроде бы, достаточно отключить ядро опроса, но с ядром опроса аналогичная проблема, как его выключить из командной строки. Я посчитал, что проще выключить весь CSO. Я неправ? Если проще выключить Ядро опроса, то подскажите, как при тех же условиях выключить ядро опроса, а потом включить его снова.
=============
Решение. 

1. Отказаться от запуска программ с помощью "назначенных заданий"
2. Сделать автологон в учётную запись (предусмотреть там для безопасности скринсейвер с паролем)
3. В этой учётной записи поставить CSO в автозагрузку. Сейчас я тестировал без подключенных ПКУ, так что CoreOrion тоже ставил в автозагрузку, а то голый CSO его не запускал
4. На удалённом компьютере запускать mstsс с ключом /admin. Ключ /console на современных ОС не работает, устарел. 
5. В результате открывается именно та учётная запись, в которой запущен CSO и Coreorion, можно с ними работать. 
6. В CoreOrion снимаем галочки с нужного COM порта, прекращаем опрашивать ПКУ, освобождаем порт для PProg.