В общем, отвечу сам себе. Причиной сих аномалий были кривые БД.
Объект №1: Мастер системы замечаний не находил. Однако ошибка в конфигурировании была найдена - для двери было неверно указано реле (второе вместо первого). Если выбрать нужное реле, то ключи синхронизируются как положено. Однако была замечена другая странность - в структуре системы рядом с названиями этих реле отображается номер этой двери (один и тот же у обоих реле), при этом  мастер системы так же не находит ошибок. Вылечилось полным уделением двери и прибора и добавлением заново. Однако всплыла новая проблема - ОЗ при запуске падала в ошибку "access violation et adress 005f4923 in module 'orion.exe'. Read of address 00000109." Заказчик зказал "оставьте его в покое, пусть работает как раньше", вернули старую базу, на том и остановились.
Объект №2: Мастер системы ругался, что требуется модернизация, но если ее выполнить, то АБД аварийно завершается с ошибкой при пропытке перейти на вкладку сотрудники или пароли. Выход из ситуации подсказал пользователь Dmitr с http://forum-bolid.ru - для проблемной двери стоял режим "проход", хотя вообще-то АБД не позволяет выбрать такой режим для двунаправленной двери. Мастер системы по прежнему просит модернизацию, однако система функционирует как положено, и модернизацию не выполняем.

Вот так. Может кому полезно будет.