Ну если приборы подключены к разным пультам или разным com-портам (тут я не уверен), то конфликта номеров разделов не будет. Тут видимо я все-же ошибаюсь - на каждом ядре опроса (РМ) уникальные номера разделов должны быть.
Можно создать копию БД, сделать в ней необходимые изменения, а потом провести слияние баз данных в одну. Муторно конечно, но быстрее каждый объект отдельно делать.