2. Наказанием виновных. По-другому никак. Если нет основания для наказания - отсутсвует документ или положение о применении пропусков, то надо сделать и утвердить. В должностную охранника добавить о несении дисциплинарной ответственность за подобные действия.

1. Отпечатки хранятся в виде шаблоновб а не в явном виде. Восстановить рисунок папилярных узоров в виде, например, картинки из шаблона невозможно. Алгоритм формирования шаблона у разных производителей свой, т.е. использовать эти шаблоны кроме как с оборудованием конкретного производителя негде.
С законом вопрос сложный. Биометрические данные - это такие же персональные данные и есть закон о персональных данных. В теории все сотрудники предприятия подписывают согласие на обработку персональных данных. Я не юрист, но почитав, мне показалось что отдельное согласие не требуется. В то же время был недавно в Сбербанке, как раз таки сдавал свои биометрические данные. Так вот Сбер требует отдельного согласия от своих клиентов по биометрическим персональным данным. Тут надо юристам основательно покопаться.

Но я бы попытался сначала объяснить сотрудникам про шаблоны. Другое дело, в зависимости от квалификации, не все сотрудники вникнут в то, что до них пытаются донести.

Согласие на биометрию надо брать. Не даёт - не принимать на работу.
Причины не давать свою биометрию две - первая, уважительная - идиоты, которые реально не хотят давать свою биометрию своему работодателю. Вторая - хитрожопые твари, которые считают, что не дав биометрию они смогут безнаказанно опаздывать.
Можно поставить отдельно считыватель NFC, которые будут считывать код со смартфона, но самый дешёвый комплект для учёта рабочего времени в дополнение к существующему СКУДу будет стоить тысяч 30, это два считывателя на турникет, вход/выход, и настольный считыватель. Плюс у самих пользователей телефоны с NFC нужны, это не все, а половина.
Ну и, естественно, хитрожопых тварей надо дрючить по полной, при каждой возможности. Что большой геморрой само по себе. Нужны точные часы на входе, хорошо бы, чтобы их было видно на камерах. Нужно синхронизированное время в системе.

Для начала нужно попытаться решить проблему административными методами, как тут предлагали. А то сегодня охранник приложит пропуск за отсутствующего сотрудника, а завтра пропустит на территорию предприятия какого-нибудь террориста, образно говоря. Для начала нужно разобраться с самим охранником.
По поводу отпечатков - я сам не захотел бы, чтобы у меня снимали отпечатки пальцев. С новыми сотрудниками проще, а вот замотивировать старых сложнее, ведь не скажешь им, что не сдашь биометрию - будешь уволен. Надо изучить внимательно закон.