Попробовал, пока непонятно. 
Непонятно много чего, что-то сломалось. 

Конфигурация:
Компьютер1 с сервером Орион Про (1.12) -> Компьютер2 с ядром опроса Орион Про (1.12) -> СОМ-порт -> С2000М -> RS485 -> С2000-ПИ -> RS485 -> много С2000-2. Протокол Орион Про. 

В АБД на компьютере1 пытаюсь присвоить сотруднику новую карточку, выбираю прибор, назначаю считыватель, выходит надпись "ждите". Прикладываю карточку к считывателю, Орион этого не замечает, надпись "Ждите" продолжает висеть. Проверил на шести разных приборах, где есть по два считывателя, пробовал на обоих. 

При этом самые удалённые разделы берутся под охрану, двери централизованно открываются, и всё это происходит так же быстро, как всегда. 

На компьютере2 отключил порт в ядре опроса, с этого же компьютера2 подключился UProg-ом к С2000-2, конфигурация С2000-2 считывается, изменяется, записывается, но записать новый ключ тоже невозможно, поднесение карточки остаётся незамеченным, надпись "приложите ключ к считывателю" остаётся висеть. 

Итого, ни Орион Про, ни UProg не могут приказать записать новый ключ. Либо приказывают, но не видят ответ. 

Предположил, что это какая-то хитрая утечка в интерфейса, разорвал интерфейс недалеко от начала линии, оставил на линии только самый первый С2000-2, результат тот же самый. 

Отключил С2000-2 от линии, подключился к нему ноутбуком через USB-RS485, запись ключа сработала. UProg одинаковый и на сервере и на ноутбуке. 

Что это, дохлый С2000-ПИ в начале линии, дохлый С2000М, дохлое ядро опроса? Но все остальные опер ации выполняются.
Пульт ведёт себя не подозрительно, кнопки нажимаются, табло таблеет. 
С2000-ПИ заменил на новый. 
Завтра подключу ноутбук к началу линии, посмотрим, как будет вести себя UProg. 

Может, есть какая-нибудь галочка, не позволяющая UProg-у запрашивать карточки именно через ядро опроса? 

Если М в режиме Компьютер и выключен параметр Центр.Управл., то код неизвестной карты пересылаться дальше М не будет, найдите этот параметр в настройках М ( RS232) и поставьте +.
Насчет управления разделами, надо разделы добавить к считывателям в Орионе и в М.

Домик -> Настройки -> RS232 ->  
Режим: Компьютер
Адрес С2000=1
Запрашивать состояние С2000М : -
Контроль связи: -
Тайм связи =20
Центр.управл.:+ (ранее был минус)
Скорость 9600 бит/с
Аккаунт: 1234

Проблема с предъявлением новой карты не устранилась. Если я редактирую свой пароль и подношу ранее известную свою собственную карту, тоже не видит. 

Не меняя ничего в пульте, запустил старый Орион 7.6.3, и он поднесение карты видит, то есть, железо работает. 

Да и еще, по управлению разделами картой, одна карта, один раздел или одна группа разделов.
На 7.6.3 с минусом в Центр.управл. передает карты?

Смогу посмотреть не знаю когда, к пульту надо идти ногами. Два месяца назад система работала на 7.6.3, и тогда передавала. Был ли тогда минус, я не знаю. Я знаю только, что минус был сегодня утром, и я никогда этот минус не включал своими руками. Вероятно, тогда тоже был минус, и тогда работало. 

Когда я поменял минус на плюс, надо ли было физически перезагружать сервер три раза? Я не сделал, возможно, я упустил шанс.