Такая проблемма была (при выгрузке из пульта или открытии файла конфиги, прога не сохраняла часть или все сценарии управления при дальнейшем сейве файла конфиги) с версией 3.13.1, если пульт версии 2.05. По обращению в сапорт это пофиксили, потом обнаружилось что на версии пульта 2.08 таже история уже с версией 3.13.2. Такое только с версиями 2.хх, на версиях 3.хх и 4.хх вроде нормально.

Юрий спасибо! Версия пульта 2.07. , с PProg версия 3.3 (выпуск 15, постройка 3445) дата сборки 24.1.2019 -всё ОК!

Подтверждаю! PProg Версия 3.13 (выпуск 2, постройка 6189) дата сборки 11.2.2020.
Если в сохранненом текстовом файле конфигурации в строке- (Версия: 2.0Х) цифры ниже 3.0, то при сохранении открытой конфигурации или при преобразовании в версию 3.0 и выше , в шагах сценариев не сохранятся разрешающие и запрещающие условия. Подозреваю, что кто то обидел разраба. Предупреждать бы надо.
Вы можете таким образом работать и сновой версией  PProg:
1. Открываете сохранненую конфигурацию в блокноте и правите 2.0Х на 3.0, сохраняете.
2. Работаете в PProg, сохраняете.
3. Открываете сохранненую на шаге 2 конфигурацию в блокноте и правите 3.0 на 2.0Х, сохраняете.
4. Открываете в PProg сохранненую на шаге 3 конфигурацию, заливаете в пульт.