- не известны такие проблемы. В PProg в меню "сервис" выбрать "Преобр.конф. в 3.03". В С2000М версии 3.12 конфигурация идентична версии 3.03. Используйте последний PProg  с сайта.
При прошивке С2000М с версии 3.02 на 3.12 в С2000М сбросятся настройки, конфигурация и журнал событий. При прошивке на версию 3.04 настройки, конфигурация и журнал сохранятся.

 Заметьте, не зря официальный представитель упоминает про версии, дважды… и
 журнал.
Лучше купить новый пульт (4.хх) и поменять. А этот убрать в сейф, за  двумя подписями и синей печатью. Подписи, ответственный за пож.без, и директора. Срок хранения, не менее чем до следующей проверки (план/внеплан).
Можно конечно игнорить, но не знание не освободит…
По этому, или  сделать (подстраховаться), или проигнорировать.
Ну, за одно, и проконсультироваться, а если начальство «продинамит», то можно вначале купить за свой счёт, а потом опытный юрист поможет вернуть все материальные и моральные.
....
По закону дважды в год плановые мероприятия, а журнал пульта это документальный протокол. И если в регионе начнутся проверки вне плана…
По меньшей мере, делайте выводы, ну а потом, или учесть, или игнорить.
 

Если система идеальная и в ней не происходит никаких событий, кроме проверок. Думаю в реалии до очередной проверки от предыдущей даже воспоминаний в журнале не останется (ну и протокол в АРМе должен быть).

Да, можно игнорить, стереть журнал, и ждать, и до «момента» времени, «ходить под статьёй».

Что вы будете доказывать, сохранив пульт в качестве "музейного экспоната"?
Какова "глубина журнала" на реальной системе с "примерно 12-13 КДЛ, 15 СП, 1 Сигнал 20М" на производстве?

Зависит от исправности системы. Если в пульт кладутся только отметки даты одна штука в сутки, то одна глубина. Если в пульт тысячами в минуту сыплются ответы "вас не понимаю" от устаревших приборов, то другая глубина. Наблюдал я как-то общение пульта с Сигналом-10, там "неисправность питания" шла десятками сообщений в секунду, пока не обновили версию. 

Предполагаю, что на публично доступном форуме, не имеет смысла подробное обсуждение детализации саботажных манипуляций. Тем более что не совсем устаревшую модель пульта, по некоторым причинам, в своё время, сняли с производства.  
По этому поводу, возникает вопрос, «с какой целью проявлен такой интерес?».

В целях экономии денежных средств (а также нервов обслуживающего персонала) я сделал бы так: создал комиссию - заказчик, служба ТО; распечатал весь журнал С2000М на бумаге в присутствии комиссии; каждый лист под подпись всем членам (комиссии конечно); журнал в бумаге в архив; пульт в прошивку.