Я так понимаю, наиболее правильно, изменять конфигурацию в пульте и затем ипортировать в Эгиду ?

Да, можно и  так, но при полном импорте придётся заново осуществлять привязки к логическому дереву, кроссировать объект (т.е. посылать события от разделов, чтобы они приобрели начальное определённое состояние).Делать это каждый раз затруднительно, а порой и не возможно.  Поэтому зачастую проще добавить или удалить какие-то элементы вручную.

А обратная процедура вожможна ли, т.е. конфигурацию из Эгиды экспортировать в пульт ?

К сожалению - нет. Такая возможность есть толкьо в объектовом ПО - АРМ Орион ПРО. В Эгиде опрос приборов - скорее опция, применяемая, когда невозможен традиционный способ передачи извещений с объектов через оконечные приборы. Отсюда и некоторые ограничения в функциональных возможностях Эгиды при прямом опросе приборов.