По 1-му и 2-му вопросам отправлю Вас в РЭ на С2000-Ethernet и в поиск по форуму и основному сайту (тема избита).
По 3-му вопросу требуется уточнение: как Вы подключили пульт к С2000-Ethernet? По RS-232 или по RS-485? Как настроили С2000-Ethernet с пультом? Напоминаю, что сигналы Rx, Tx для RS-232 подключаются перекрёстно. 

По 1 и 2 вопросам я прочитал руководство раз 5 уже, но ясности это не добавило, в моём понимании при прозрачном режиме прибор сам сетевое соединение не устанавливает (или может? И для этого нужен адрес компьютера?), пакет от компьютера отправляется по адресу прибора на какой UDP-порт, слева или справа в настройках ? Зачем их 2?
Уочнение: Прибор подключен к пульту по RS232, tx прибора на rx пульта и наоборот, общий провод на общий провод, если быть точным, то провод перекинут от USB RS232 на соответствующую колодку прибора к аналогичным контактам, точно так же, как было подключено на USB свисток. В настройках порта: режим рабоы - прозрачный, тип интерфейса - RS232, скорость обмена - 19200 (на USB было 115200, в пульте тоже поменял на 19200), тип протокола - ОрионПро, адрес RS232 - 126, стоповых бит - 1, в настройках ethernet: UDP-порт отправителя - 40000, галка "один порт" не стоит, UDP-порт отправителя для свободного соединения - 40001, галка "один порт" не стоит, тип UDP порта удалённого устройства - динамический. На пульте режим - компьютер. В uprog создаю линию с udp-портом 40001, по бродкасту находится автоматически прибор, при опросе RS на линии приборов не находится.
Ещё один вопрос.
На линии так же находится ещё 2 С2000-Ethernet с 40001 портом и при опросе линий на них находятся приборы. Линии там RS485, пультов там нет, только приборы СКУД, я не смог создать витруальный COM порт для этих приборов, что бы uprog смог увидеть на линии имеющиеся приборы по COM-порту, хотя по линии службы Орион-2 конфигурация приборов читается.
Какой порт выбирать - я имел ввиду UDP-порт, какой угодно не работает, варианта 2 - 40000 или 40001.

1 - скорость порта высокая, нужно выставить 9600 и в ethernet и с2000м
2 - в с2000-ethernet, вкладка - ethernet: UDP-порт отправителя  - у каждого ethernet он должен отличаться, начиная с 40002, то же самое в списке удаленных устройств
3 - в вкладке свободное соединение тип udp-порта удаленного устройства - статический

по порядку: для настройки com порта используйте мастер, порт указывается с 40003 и так далее +1 следующий

у меня стоит арм орион-про, с2000-ethernet я возле него я не ставил

покажи всю структуру твоей системы или укажы тип который ты используешь, у меня примерно так https://yapx.ru/v/QvSiE

Вы путаете режимы работы. Для работы в режиме "Виртуальный порт" C2000-Ethernet должен быть в прозрачном режиме, если Вы к нему подключитесь службой Орион2 и опросите RS - ничего Вы не найдете, потому что "Опросить RS" - это для работы в режиме Master.
Скорость во всех элементах Вашей системы должна совпадать, то есть если Вы работаете в режиме Мастер, пульт в режиме программирования, протокол Орион  - то скорость ВЕЗДЕ должна быть 9600. И в пульте, и в C2000-Ethernet, и на С2000-ПИ если он там где-то между Вашими приборами есть. Если прозрачный режим + пульт и протокол ОрионПро - то скорость  C2000-Ethernet = скорость пульта по 232 = скорость С2000-ПИ. А уж какая она - выбирайте сами. Пульт 3,13 + C2000-Ethernet 2,75 прекрасно работают на 19200.

Я когда первый раз настраивал с2000-Ethernet на связь с пультом словил интересный глюк - при адресе пульта по 232-му интерфейсу от 100 до 127 (другие не пробывал) связь не устанавливалась, при адресе пульта 5, 10, 40 всё работает на любых скоростях. А для настройки виртуальных портов надо использовать утилиту "Настройка портов" из комплекта ОрионПро, без неё никакие изменения портов в UProg не работают.