Считыватели подключены к С2000-2, а шлейфа на С2000-4 - имеет значение?
Насколько понимаю мои считыватели не поддерживают долго удержание (могу ошибаться, PR-EH03).

И вашу иструкцию я правильно понял.
Карту в с2000-2, прикладываю ставлю ШС1 с2000-2, в пульте сценарий при взятии шс1 (с2000-2) то ставить шс1,2(раздел1) (с2000-4)

У меня в офисе так работает

Так как считыватель PR-EH03 посылает код кратковременно, то вариант с удержанием работать не будет. Нужно паралельно контактам D0 и GND в контроллере С2000-2 подключить кнопку "Запрос взятия", тогда при удержатии кнопки одну секунду, контроллер будет ставить и снимать с охраны свой шлейф от комбинированной карты.
 

Для постановки по удержанию считыватель должен работать с контрроллером по интерфейсу Touch Memory (I – Button), Wiegand шлёт код карты однократно, поэтому для него нужна будет кнопка, чтобы переводить контроллер в режим взятие/снятие ШС. Считыватель PR-EH03 поддерживает интерфейс Touch Memory (I – Button). Для постановки удержанием в контроллере Uprog-ом необходиом задать время для параметра "Время удержания комбинированной карты для взятия/снятия" (важно, чтобы оно было не нулевым). Это всё позволит управлять локальными охранными ШС контроллера С2000-2.
Если нужно управлять ШС другого ППК (С2000-4), то в контроллер С2000-2 нужно добавить карту только с атрибутом доступа (без атрибута хозорган), а в С2000М создать раздел с ШС С2000-4, пользователя с кодом карты и уровень доступа для постановки/снятия раздела. Тогда при удержании карты, контроллер С2000-2, не обнаружев в своей базе разрешений на управления своими ШС, будет передавать код пульту С2000М для проверки возможности управления самим пультом, а пульт уже будет ставить или снимать раздел (централизованное управление).
Всё это описано в руководстве к С2000-2.

У меня получилось так что обычная карта дает доступ(разово пикнул), а ту которую прописал в пульте она как бы два раза считывается.
И на пульт приходи "Запрос взятия раздела", нажимаю интер и он начинает ставить,снимать,ставить, снимать и т.д. по кругу

Я только не понимаю почему именно запрос подтверждать нужно, и почиму его зацикливает так.
в с2000-2 была прописана на доступ, в пульте раздел был, добавил карту и уровень доступа (с существующим разделом) и что именно в сценарии нужно было прописать (условие)?
(было прописанно шаг№1 при снятом разделе, его ставить, шаг№2 при взятом разделе снимать....и этот сценарий прикреплен к шс1,2)

День добрый. Сценарий не нужен, удалите его полностью. Чтобы не надо было делать подтверждения на пульте в Pprog на вкладке "привязка управления" привяжите нужный раздел к С2000-2. Справа в инспекторе в параметрах "привязка считывателей" дожно стоять "нет".
Попробуйте ещё в настройках уровня доступа для этой карты в С2000-2 в Uprog поставить галочку "хозорган", но не привязывать локальные разделы.

Подтверждение на пульту делается на версии 2.хх, а на более свежих если стоит тактика "Отобразить, затем управлять". В первом случае ничего не сделать, во втором надо поставить тактику "Управлять сразу"