Доброго дня!
Я бы попробовала реализовать так:
1. Сценарий определяет код пропуска и передаёт его параметром исполняемому файлу. Срабатывает сценарий на событие.
2. Исполняемый файл через модуль интеграции добавляет этот код куда нужно.
В сценариях вроде нет возможностей работать с базой данных.
Одного модуля интеграции тоже недостаточно, так как нужно поймать событие от считывателя.

Модуль интеграции сам по себе это API, для его использования в любом случае потребуется внешняя прорамма, которая будет к нему обращаться. Но самое интересное в том, что модуль интеграции может отдать по внешнему запросу данные об интересующих вас событиях, т.е. можно обойтись без использования сценариев ОрионПро.
... имхо

Если постфактум, то да, можно без сценариев. 
Дёргать программу каждую секунду, на предмет возможного считывания карты я бы не стала. 
Если заказчику достаточно запускать проверку пару раз в день - то нормально.
А если нужно чтобы один раз чикнул  - не пустил, а через пять секунд чикнул и "доступ предоставлен", то лучше со сценарием.
В общем, как обычно, вводных данных маловато, ТЗ неполное.

ТЗ вполне полное, если знать расшифровку терминов =)