Нет. При объединении приборов в единую систему БД будет одна. Возможна её репликация, но это танцы с бубном. А вот с планами всё проще (читай ниже).

Это будет возможно если все объекты будут в единой БД. Для этого другие сервера будут выступать как локальные рабочие места, т.е. на них останется оперативная задача (свои планы и полномочия). Причём можно настроить чтобы при разрыве связи с центральным сервером локальные АРМ продолжали нормально функцинировать, а при восстановлении связи они отдадут события основному серверу.

1. Потребуется перед объединением баз провести работу по перенумерации всех разделов, точек доступа и так далее. Не должно быть десяти разделов с номером 1. Пусть в одном городе будет 1001, в другом 2001 и так далее. 
2. Чтобы в Москве не видели планов Питера, надо разграничить права. Если сотрудник не имеет прав на просмотр одного раздела на плане, то раздел будет ему показан чёрным (или белым, не помню) без извещателей, а если у него не будет прав на просмотр всех разделов на плане, то весь план просто не будет показываться, не будет у него на мониторе вкладки с этим планом.  Соответственно, если у сотрудника в Москве не будет прав на разделы в Питере, то вкладки с питерскими планам показаны ему не будут.