Для начала,думаю стоит переустановить  pprog и uprog с драйверами COM порта. Если нет, то попробовать с другого компьютера. Если все это не помогло - то похоже беда в С2000М. У меня была такая беда, но там была беда с С2000-USB. Кстати можно поэкспериментировать с режимами Орион и ОрионПро. В общем пробовать все по очереди, где то да вылезет причина.

Временные проблемы связи после записи конфигурации могут быть связаны  с тем, что после записи конфигурации в С2000М он несколько минут опрашивает состояние приборов, из-за чего медленней выполняет команды. Возможно, в этой ситуации программа не дожидается ответов. В современных версиях UProg в "Параметрах линии" имеется настраиваемый параметр "Таймаут ожидания ответа на команду", который можно увеличить. В PProg этот параметр не настраивается, но имеет достаточно большое значение в актуальной версии. Если  пользуетесь старой версией  PProg - попробуйте поставить последнюю.