Вобщем решил.
Выяснилось, что общим полем в обоих файлах является только "табельный номер", к сожалению в нашем варианте данный параметр не везде был заполнен.
Поэтому:
1. Присвоить всем с нулевым или отсутствующим значением, табельным номер.
Сделал sql запросом в БДWITH cte AS (
SELECT
[TABNUMBER],
ROW_NUMBER() OVER (ORDER BY (SELECT NULL)) as rn
FROM
dbo.pList
)
UPDATE cte
SET [TABNUMBER] = RIGHT('ABCDXXXX' + CAST(rn AS VARCHAR), 8)
WHERE [TABNUMBER] IS NULL OR [TABNUMBER] = 0* ABCDXXXX - замените на свой шаблон, желательно не пересекающийся с существующими номерами.
2. Выгрузил оба файла в EXCEL, в разные листы, убрал лишнее и просто добавил столбец с формулой ВПР по табельному номеру.