А какой закон это нарушает, учитывая, что АРМ на компьютере - это вообще дополнительное удобство, а все управление СПЗ в первую очередь оформлену в связке С2000М и С2000-БКИ?

У нас новая система сделана в соответствии с п. 5.3 и 5.4 СП 484 и подключается через RS-485 к компьютеру в соответствии со схемой в руководстве

Каким образом соблюдены данные пункты? Если между ПКУ и блоками одна линия интерфейса? Эту линию если "чирикнуть", то в любом случае Вы теряете формирование сигнала  автоматического и ручного управления более чем для одной зоны защиты СПА/СПЗ, что не допустимо. В подобной топологии целесообразное и единственно верное решение, это применение Сириуса.

1. АРМ - это не ПКУ по закону. ПКУ - это С2000-БКИ

2. А вы что С2000М исп. 02 подключаете к компьютеру двумя преобразователями USB-RS485?

1. В комментарии выше под ПКУ я имел ввиду Пульт Контроля Управления С2000М, БКИ это блок...;
2. Ни я, ни коллеги ПКУ С2000М (любого исп.) в СПА/СПЗ к АРМ не подключаем никаким образом, так как это нарушение пунктов приведенных выше. В конфигурации с АРМ мы используем Сириус.
В меню ПКУ исп.02 появился пункт rs485-2, там выбирается режим компьтер или резерв, в режиме резерв обе линии 485 используются для подключения к блокам ИСО Орион, которые так же имеют такие клеммы. Соответственно при повреждении одной из этих линий связь с блоками не теряется. 
В таком режиме  ПКУ к АРМ не подключить .
Если же выбрать режим компьютер, то к АРМ можно подключить, через любой ПИ 485, но как резервную линию использовать не получится. Как уже писал ранее при повреждении единственной линии (Единичная Неисправность)rs 485 между ПКУ и блоками, произойдет потеря нескольких зон контроля СПС, в том числе оповещения и например пожаротушения(если есть).

Вот так же из РЭ на ПКУ:
1.1.15 Пульт «С2000М» поддерживает работу с компьютером с программным обеспечением АРМ «Орион Про» по интерфейсу RS-232, а «С2000М исп. 02» - по интерфейсу RS-485 (функция недоступна при использовании резервированной линии связи RS-485 с блоками). 

У нас нет Сириуса. У нас есть С2000М и БКИ. Вся система на двух интерфейсах. С2000М управляет всей системой. ОрионПро, установленный на компе не управляет ни одним реле и работает как монитор. Еще раз. Что мы нарушили?

п.5.4 СП484

Как вы подключили к С2000М ОрионПро?