Для начала посмотрите состояния разделов, связанных с реле, на предмет наличия состояния "ЗАПРОС..." (современные версии С2000М показывают количество разделов с таким состоянием на главном экране). Если такие разделы будут, это может быть причиной указанной проблемы (при обнаружении приборов, пока С2000М запрашивает состояния, оно присутствует, но этот процесс должен завершаться). Для локализации нужно войти в раздел и найти элементы (входы, выходы) с таким состоянием. Далее нужно будет разбираться с конфигурацией этих элементов (возможно, через техподдержку). Например, имели место проблемы запроса состояния ШС контроля концевых выключателей блоков С2000-СП4, если их контроль отключен в конфигурации С2000-КДЛ. Решение в этом случае - исключить не контролируемые ШС из разделов С2000М.
С управлением реле это связано следующим образом: для включения реле важно наличие тревоги любого связанного с реле входа (извещателя), а для выключения необходимо, чтобы все связанные входы были в норме, поэтому неизвестное состояние препятствует выключению.