Здравствуйте, Дмитрий.

Ваш вопрос1:Стоит такая система:

1. Извещатель зебра 2. Прожектор Фосфор 3. С2000-Периметр 4. С2000М 5. Орион Про

Ответ:

без указаний версии с2000м, орион про и настроек с2000м и орион про - сложно сказать имеет ли такая система с такими версиями и настройками право корректно работать.

Ваш вопрос2:
При настройке чувствительности извещателя зебры слетают настройки. То есть, произвели настройку чувствительности всех ярусов (их 12 шт.) зебры, подключили её к С2000-Периметр и настройки просто слетают. 
Ответ:
ваш вопрос не полный. Вы подключаете зебру к периметру при включенном или выключенном пульте с2000м?
а включенном или выключенном арм орион про?
а что пишется в настройках юстировки арм орион про?
Ваш вопрос3:
Где может быть ошибка?
Ответ:
Набо в настройкам приборов, либо в самом факте отключения для настройки чувствительности и возвращении обратно, без перенастройки приборов.