А сотрудник который будет последним уходить с объекта, получается еще и должен проверять наличие людей в отделе 1. Иначе как он будет узнавать что в охраняемой зоне нет людей? Какая то неправильная организация поставленной задачи, или я чего то не догоняю.

Последний из отдела 2 идет через отдел 1. Он видит/знает, что в отделе 1 есть кто ещё или нет. 

Так создайте две группы разделов-одну с зоной 1 и входной дверью, а вторую с зоной 2 и входной дверью. И управляйте на здоровье. Правда, задачу я всё равно не очень понимаю=\

Ну и понятно что, если первый кто-то уходит, то он ставит свои и дверь, а второй оставшийся отдел будет выходить, откроет дверь... и тревога.


PS: Вижу пока только одно решение, не закрывать дверь, И если отдел 2 уходит первым, ставит свой раздел и дверь. Дверь не берется, остальное встает. Тогда получаем лишние события о неудачном взятии. 
Думал может кто предложит лучшее решение.

Окна времени как вариант не рассматривается?
Выставили автоматически брать на охрану по времени да и все.
Евгений Сергеевич, еще бы конечно знать какие приборы у Вас на охрану стоят, тогда думаю количество вариантов расширилось бы, а то как то список из С2000М, АРМа и СМК не дает возможности реально оценить все варианты.

Ну тогда самый простой вариант, как и писал Сергей Шапран, два ключа/карточки, ну или по сложнее тогда поставить С2000-КС, в котором будет три уровня доступа: отдел 1, отдел 2, СМК входной двери. К тому же и визуально будет видно что стоит на охране, а что нет.