Проверьте на брак приборы C2000-Ethernet. Убедитесь, что у приборов разные MAC-адреса: MAC-адрес на плате прибора должен совпадать с MAC-адресом, который отображается при чтении конфигурации в программе Uprog. Если в UProg для 2-х разных приборов отображается один и тот же MAC-адрес, то одну из плат (несовпадающую с MAC-адресом на плате) нужно будет отправить в ремонт (при отправке обязательно укажите причину). На брак MAC-адреса можно проверить и другим способом: пропинговать приборы и посмотреть, с какого MAC-адреса приходят ответы (должны приходить с разных).
По проявлениям в системе этот брак еще вылядит так: если отключить физически от локальной сети одну ветку С2000-Ethernet, то вторая начинает работать стабильно (и, соответственно, наоборот: при отключении второй, начинает работать первая).

mac адреса проверю.
Но тогда важное уточнение. Одна из двух проблемных систем была смонтирована в месяца 4 назад (проблема была сразу), вторая проблемная смонтирована на этой неделе. Оборудование закупалось разными организациями в разное время.

да.. тогда на MAC не похоже.. а сами приборы C2000-Ethernet на пинг отвечают стабильно? Версия приборов C2000-Ethernet 2.52? Сколько приборов С2000-Ethernet добавлено на 1 виртуальный COM-порт и какие по порядку IP-адреса нестабильных направлений? Можно еще у пультов поставить паузу перед ответом по RS-232, равной 1-2 мс (при помощи программы RS485Settings).

Попробуйте на СОМ7 внести следующие изменения: 
порт 2048 (по умолчанию) замените на другой (например 2050)
в настройках Ethernetа в UPROG на 2 закладке порт отправителя 2050 порт получателя 2050
остальное менять не надо.
К сожалению более подробно описать не смогу объект делался 2 года назад и сейчас под рукой езернета нет, но в таком режиме работают более 20 езернетов. Для каждого виртуального порта свой   UDP порт.

Значит проверили мас адреса, IP адреса, конфликта нет, повторений нет. Исключили один пульт (сом4), оставили только приборы.
Теряет связь с приборами только оставшийся пульт (сом7). Остальное работает нормально.

Так же пробовал оставлять включённым только один порт (сом7), а со всех остальных галочки снимал в ядре опроса. Проблема так и оставалась.

А есть возможность соспоставить пропадание приборов в АРМ с тем, что в этот момент происходит на проблемном направлении (индикация на С2000-Ethernet и пульте в момент потери в АРМ)? По возможности выложите скриншот конфигурации С2000-Ethernet.