Задача и стоит обновлять ключи. Но суть в том что эти ключи кладутся в БД SQL запросом, - забираются из други БД Орион в стронний софт (я разработчик этого софта), и оттуда по определенным признакам предаются в другие БД Ориона. Как запустить синхронизацию ключей через XML-RPC - знаю, проблем не возникает. НО! прежде чем это сделать надо для начала заставить ядро перечитать данные из БД Ориона. Такой XML-RPC команды как понимаю нет (по крайней мере её нет в документации). Однако эти данные получаются в момент перезагрузки ядра. С windows процессом desctop приложения сложней, да это уже будут "костыли", а хотелось бы, раз разработчик не предоставляет необходимые сервисы, - хотя бы "залипушкой" типа по шедулеру net stop/net start службы ядра.
Конечно же знаю о существовании сторонних утилит. Но использование стронних утилит = костыли.
Если разработчик говорит о существовании возможности работы в качестве службы, и она и устанавливается! и запускается! - хотелось бы увидеть ответ почему тогда такое странное поведение. 
Или ядро необходимо разворачивать на совершенно отдельном компьютере? где не используется ОЗ?

Вам необходимо проводить интеграции через Модуль интеграции http://bolid.ru/production/orion/po-orion/mod_integr_orion_pro.html. Это soap прослойка между ИСО Орион и вашей системой. Для получения демонстрационной версии необходимо обратится в тех поддержку. XML-RPC методы синхронизации ключей от Орион Про использовать не допустимо, это внутренний функционал Орион Про, также как и читать данные напряму из БД Орион Про.